日本精神科神経学会・性同一性障害に関する委員会は、「性同一性障害の診断と治療のガイドライン」（以下、ガイドライン）を公表しています。 ガイドラインは法律ではなく、医療機関、医療者に対する治療の方針を示すものです。
 
これまでに、ガイドラインや特例法は数回の改訂を重ね、現在の最新版はガイドライン第4版として報告されています。
 
性同一性障害に関する診断と治療のガイドライン第4版（最新版）  

～ガイドライン一部抜粋～
ガイドラインはあくまで医療者に対する治療指針であり、治療を受ける者に厳格に強いるべき規則ではない。
また、当事者がガイドラインを遵守しなければその後の治療を受けられないといった懲罰的な対応を強制するための規則でもない。
柔軟性のない厳格な規則として受け止められて教条的に運用すれば、このガイドラインの目的とは逆に、医療の質の低下につながり、ひいては当事者に対する不利益を助長しかねない。
このような事態が引き続き起きないように改めて「ガイドラインはあくまで医療者に対する治療指針であり、治療を受ける者に厳格に強いるべき規則ではない」ことを再度確認しておきたい。
いずれにしても、治療は当事者の生活の質の向上を目的とした手段にすぎないことを明記し、医療現場では当事者の自己決定と自己責任を最大限に尊重しながら、個々のケースに応じたよりきめ細かい判断が必要である。

ガイドラインは法律ではなく、あくまでも医療者に対する治療方針です。
ガイドラインに沿わないと「性別変更ができない」「手術ができない」という決まりはなく、当事者に強いるべき規則ではありません。

但し、ホルモン治療や性別適合手術は後戻りが出来ないため、慎重に治療を進める必要があます。
重要な治療の指針としてガイドラインは存在しています。